Le voyage de Shinichi, Ran et des autres à Kyoto touche à sa fin. le trio de détectives composé de ce premier, d'Heiji et de Sera arrive à résoudre la série de meurtres touchant des anciens étudiants en cinéma. Alors que notre héros se rapproche de Ran, les effets de son médicaments prennent fin et il doit fuir pour ne pas redevenir Conan devant elle.

Plus tard, les Détectives Boys doivent retrouver une de leur camarade, Maria, qui n'est pas venu à l'école. Conan ne peut guère les aider, car il a un problème plus important à résoudre. Partout sur internet on parle de la présence de Shinichi Kudo à Kyoto. Kogoro lui doit se rendre dans un restaurant où un de ses clients est menacé de mort si il y retourne. malheureusement, c'est une serveuse qui est empoisonnée. Enfin, une personne se met à tuer des policières.